دوران حکومت امام علی(ع)
بر اساس گزارش‌های اندک مربوط به این دوره، امام حسین(ع) پس از بیعت مردم با امیرالمؤمنین(ع)،خطبه‌ای خوانده است.[۹۳] در روز جمل فرماندهی جناح چپ سپاه امام علی(ع) را بر عهده داشته[۹۴] و در جنگ صِفّین، خطبه‌ای برای ترغیب مردم به جهاد خوانده[۹۵] و به گزارش برخی منابع، از فرماندهان جناح راست سپاه بوده است.[۹۶] گفته‌اند در صفین، امام حسین(ع) در ماجرای پس‌گرفتن آب از شامیان شرکت داشت و پس از آن امیرالمومنین فرمود: این نخستین پیروزی بود که به برکت حسین به دست آمد.[۹۷] بر اساس گزارش‌های مربوط به جنگ صفین، امام علی(ع) از جنگیدن حسنین(ع) جلوگیری می‌کرد و علت آن را حفظ نسل پیامبر(ص) می‌شمرد.[۹۸] به نقل برخی منابع، او در جنگ نهروان نیز حضور داشت.[۹۹] بسیاری از منابع گفته‌اند امام حسین(ع) در زمان شهادت امام علی(ع) کنار ایشان بود[۱۰۰] و در مراسم تجهیز و خاکسپاری حضور داشت.[۱۰۱] اما بنا بر گزارشی که در کتاب الکافی و «انساب الاشراف» آمده است، امام حسین(ع) هنگام ضربت خوردن پدر، برای انجام‌دادن مأموریتی که علی(ع) به او داده بود، در مدائن به سر می‌برد و با نامه امام حسن(ع) از موضوع آگاه شد و به کوفه بازگشت.[۱۰۲]